Está a cargo de un profesional con título profesional designado por el consejo universitario, a propuesta del rector o mediante encargatura con grado de Bachiller y es designado por la Gerencia General. La dirección general de biblioteca es un órgano de línea del vicerrectorado académico, y administra las modalidades presencial y virtual. Está encargado de:

1. proponer, ejecutar y evaluar el plan integral de modernización de las bibliotecas
2. velar por el uso eficiente de la modalidad presencial, con el sistema de estantería abierta en las bibliotecas de su ámbito.
3. extender sus servicios a la comunidad educativa de la región.
4. realizar exposiciones de los nuevos materiales bibliográficos adquiridos y promover comentarios de expertos ante la comunidad universitaria; norma que se debe cumplir antes de ser internados los libros.
5. realizar jornadas de lectura; presentaciones de las nuevas publicaciones comentadas; cursos y talleres sobre el fortalecimiento de los hábitos de lectura y comprensión lectora.
6. establecer permanentemente relación con bibliotecas nacionales y extranjeras, para intercambiar experiencias y material bibliográfico, hemerográfico y otros, con el fin de optimizar los servicios.
7. implementar las salas de exposición de pinacoteca, fototeca, videoteca y musicología amazónica y nacional.
8. implementar la sala de reprografía destinada a la reproducción de los documentos por diversos medios, como la fotografía, el microfilme y otros.
9. implementar y poner en funcionamiento la sala de reproducciones audiovisuales y videoconferencias.
10. administrar la librería de la universidad y promover la política de editorial universitaria.
11. administrar en forma eficiente el funcionamiento de la biblioteca en la modalidad virtual, a través del sistema de convenios y cooperación nacional e internacional, asociándolo al sistema y redes de bibliotecas del mundo.
12. Gestionar el funcionamiento del repositorio institucional de la Universidad según los criterios técnicos establecidos.